2013年4月6日，據國家衛生和計劃生育委員會發布的疫情信息，4月5日17時至4月6日17時，全國報告新增人感染H7N9禽流感確診病例2例。2例新增病例均來自上海市，正在積極救治中，所有密切接觸者目前未發現異常。截至2013年4月6日17時，全國共報告18例確診病例，其中死亡6人。
據通報，確診病例分布于上海(8例，死亡4例)、江蘇(6例)、安徽(1例)、浙江(3例，死亡2例)4省市。確診病例間未發現流行病學聯系，所有病例的密切接觸者均已采取醫學觀察措施，未發現異常情況。目前疫情處于散發狀態，尚未發現人傳人。
6日上午，國家衛生計生委組織召開人感染H7N9禽流感疫情聯防聯控工作機制會議，通報了疫情情況、專家組意見和防控工作進展，聽取了各成員單位工作報告，就加強疫情溯源、強化疫情監測、做好病例救治、主動公開信息等工作進行了研究。
此外，衛生計生委選派了中西醫臨床專家赴疫情發生地指導患者臨床救治工作，對醫療機構發熱門診、疫情報告、消毒等防控工作進行監督檢查，并啟動向世界衛生組織流感參比和研究合作中心分讓毒株的程序。
為控制h7n9傳染源，上海、南京暫停所有活禽交易。
上海市6日起全面暫?；钋萁灰?、暫時關閉所有活禽交易市場。目前，該市3家定點活禽批發市場已全部暫時停止活禽交易活動，并認真進行了清理、消毒、封閉處理。據對全市17個區縣聯系確認，全市461家活禽定點零售點已從6日起全部暫時停止活禽交易活動。市商務委已確定三家活禽屠宰場，日屠宰能力達1萬羽。
同時，上海加強市境道口動物檢疫監管，全面禁止外來活禽進入本市。6日該市指定市境公路道口未發現外來活禽車輛進滬。
上海市工商部門加強監督檢查，落實24小時應急值守人員，確?；钋萁灰兹繒和?，保障市民消費安全。截至6日，已取締各類馬路市場活禽交易點84個，取締無照經營戶1戶，責令改正18戶，查獲活水禽486只，查獲野生鳥類9只，接受消費者投訴舉報2件。市食藥監部門也對餐飲單位開展專項監督檢查，檢查情況未見異常。
上海市教委制定并下發了《關于進一步做好人感染H7N9禽流感疫情防控工作的緊急通知》和《人感染H7N9禽流感防治知識》宣傳資料，召開全市學校防控工作專題會議，部署全市學校人感染H7N9禽流感疫情防控工作，要求各區縣教育部門和各級各類學校加強健康教育，落實重點防控措施，加強防控知識宣傳，提高學生的自我保護意識和防病能力，切實保障學生健康安全。
此外，南京市政府也決定，從4月6日起暫停三家主要家禽批發交易市場的家禽交易，關閉江寧區東新農貿市場活禽交易區，對家禽市場進行全方位的消毒管理；暫停市外家禽進入南京市場；對市區大型家禽養殖場、鴿子養殖等加強防疫管理工作。同時，加強信息報送，堅持各區一日一報。